Preview

Вавиловский журнал генетики и селекции

Расширенный поиск

Исправление таксономической ошибки в базе данных GenBank поднимает новый вопрос относительно межродовых отношений у саланксовых рыб (Osmeriformes: Salangidae)

https://doi.org/10.18699/vjgb-25-29

Аннотация

Генетическая база данных GenBank является крупнейшим генетическим хранилищем, предоставляющим жизненно важные ресурсы для последующего применения в биологии и медицине. Высказанная обеспокоенность надежностью GenBank обусловливает необходимость мониторинга возможных таксономических ошибок в записях этой базы данных. Здесь мы сообщаем о случае ошибочной идентификации митохондриального генома (или митогенома) у саланксовой рыбы, принадлежащей к роду Neosalanx (Osmeriformes, Salangidae). База данных GenBank содержит четыре полные последовательности митогенома N. taihuensis с номерами доступа JX524196, KP170510, MH348204 и MW291630. Средняя p-дистанция между этими последовательностями довольно велика (7.01 ± 0.14 %), но становится в 29 раз меньше (0.24 ± 0.05 %) после исключения митогенома MW291630. Анализ всех доступных нуклеотидных последовательностей салангид показал, что наблюдаемое несоответствие в уровне дивергенции между митогеномами N. taihuensis обусловлено ошибочной идентификацией видов. Оказалось, что митогеном MW291630 не принадлежит N. taihuensis, а в действительности представляет митогеном N. jordani, ошибочно идентифицированный как N. taihuensis. Установленная таксономическая идентичность митогенома MW291630, а также расширенная выборка видов с исследованными маркерными последовательностями выявили некоторые новые аспекты межродовых отношений у саланксовых рыб. В частности, полученные данные не подтверждают синонимизацию рода Neosalanx с Protosalanx, как это было предложено в последней ревизии классификации салангид. Как показывает настоящий анализ, Protosalanx не является кладой, включающей все виды Neosalanx. Напротив, эта клада состоит по крайней мере из двух эволюционно разных линий, уровень генетической дивергенции между которыми соответствует межродовым значениям дивергенции у салангид. Необходим дальнейший анализ с использованием полных ядерных геномов для выяснения эволюции саланксовых рыб.

Просмотров: 137


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-3259 (Online)