С помощью метода пиросеквенирования фрагмента гена 16S рРНК получены первые данные о разнообразии бактериопланктона двух крупнейших и сравнительно молодых водохранилищ Монголии – Тайширского, образованного на реке Завхан, и Дургунского, образованного на протоке Чонохарайх. Выявлено 145 филотипов (при кластерном расстоянии 0.03), принадлежащих 18 филам. Доля ОТЕ, не идентифицированных на уровне филы, варьировала в пределах 0.6–3.0%. Видовое богатство бактериопланктона, согласно индексам разнообразия ACE и CHAO1, было максимальным на эвтрофном участке протоки Чонохарайх ниже плотины Дургунской ГЭС и минимальным – на мезотрофном участке р. Завхан выше Тайширского вдхр. Согласно индексам Шеннона и Симпсона, обилие разных видов в сообществе характеризовало мезотрофный и эвтрофный участки пелагиали Тайширского и Дургунского водохранилищ, соответственно, как участки с наибольшей выравненностью. Системы водохранилищ достоверно отличались по таксономическому разнообразию бактериопланктона, о чем свидетельствует соотношение общих и уникальных ОТЕ, которое изменялось по продольному профилю водотоков.