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Study of Iron Phase Transition Under High Pressure [PDF]
, 2005 本论文采用理论模拟的方法研究高压下铁的相变机制，分别采用了分子动力学（MD）和第一性原理（FirstPrinciple）两个当今最常用的理论方法进行模拟计算。本文首先采用分子动力学（MD）方法，结合原子间多体势函数，模拟了bcc铁（α-Fe）在高压下向hcp铁（ε-Fe）转变的过程。模拟过程中采用Akland等人提出的Fe的势函数作为原子间的多体势。在模拟过程中我们组建一个由1024个铁原子组成的热力学系统，在压强逐渐增大的过程中观测它的结构和性质所发生的一系列变化。通过模拟得出的c/a值 ...
沈雷
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He jishu海洋核动力小堆作为未来海洋核能应用的重要形式，其热工水力特性受到周期性流体波动和复杂运动的影响，增加了设计与安全评估的挑战。本研究旨在开发一种多尺度分析方法，通过适应性改造和多层次模拟，系统评估海洋条件下核动力小堆的热工水力行为与安全性。首先，选用STAR-CCM+作为改造系统分析、子通道和计算流体力学（Computational Fluid Dynamics，CFD）等程序的工具，对RELAP5源程序进行了修改，对海洋小堆进行简化建模，以适应海洋环境下的系统行为、组件传热、燃料棒束等关键特性；其次 ...
罗 涵禹, 宋 厚德, 刘 晓晶
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The crystal structures of Histidine kinase YycG in active and inactive state [PDF]
, 2015 双组分信号转导系统（Twocomponentsignaltransductionsystem，TCS）由组氨酸激酶蛋白和对应的反应调控蛋白组成，是细菌中普遍存在的高效且重要的信号转导通路。其中YycFG双组分系统是目前已知分布最广泛的重要TCS之一，普遍存在于包括金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌和粪肠球菌等常见致病菌在内的低G+C含量的革兰氏阳性菌中。YycFG双组分系统在细菌的细胞壁代谢、细胞膜形成以及一些耐药菌株的抗药性中发挥着至关重要的作用。但是，YycFG双组分系统的信号转导机制和分子结构仍然不清楚 ...
蔡永飞
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Exploration of the Binding Mechanism between Puerarin and β-Lactoglobulin Using Fluorescence Spectroscopy and Molecular Dynamics Simulation [PDF]
The binding mechanism of puerarin (PUE) to β-lactoglobulin (β-lg) was investigated by fluorescence spectroscopy, molecular docking, and molecular dynamics simulation.
MA Bo, LI Rong, XU Ao, DUAN Wenjie, HUANG Yechuan
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Zhejiang Daxue xuebao. Lixue ban, 2014 采用耗散粒子动力学(DPD)模拟方法研究了向刚柔嵌段共聚物溶液中掺入均聚物的自组装行为，当掺入的刚性棒或柔性高分子链浓度不同时，由于刚性棒的取向性及柔性高分子链构象熵的变化，观察到了一系列丰富的相结构，如双层柱状、层状、层柱共混状、反转的空心柱状等.少量的均聚物和刚柔嵌段共聚物溶液共混后的密度分布显示，均聚物聚集于胶束相结构的中心.
ZHANGRuifen(张瑞芬) +2 more
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Surface Structure and Thermal Stability of Platinum Group Metallic Nanoparticles with High-Index Facets [PDF]
, 2017 铂族金属纳米粒子由于具有优异的催化性能，已被广泛地应用于燃料电池，石油化工，汽车催化转化器等领域。但是，稀缺的资源以及昂贵的价格严重地限制了它们的应用。为了满足工业上日益增长的需求，如何提高它们的催化活性和催化效率就成为了工业催化领域的一个关键问题。高指数晶面纳米粒子的成功合成为解决这一问题提供了一条新的途径。高指数晶面是指密勒指数{hkl}中至少有一个指数大于1的晶面。这类晶面拥有高密度的低配位原子，这些原子分布在具有高活性的催化位点，如台阶、棱边和扭结位。因此 ...
曾祥明
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Gaoya dianqi, 2023 流注放电物理过程可由相互耦合的泊松方程和对流扩散方程描述，是涉及电磁学和流体动力学的多物理场问题。针对瞬态流注放电计算量大的问题，本研究提出了一种基于物理信息融合神经网络的流注放电高效求解模型，该模型相对传统的数值求解算法可大幅提高模型的求解效率。首先，基于二维泊松方程的解析解形式，获取了大量二维随机分布空间电荷的电场分布。利用电荷分布与电场分布的对应关系，作为泊松算子物理神经网络的训练集，得到预训练的泊松方程神经网络求解算子。随后，基于二维有限元求解器获取了不同边界条件下考虑等离子体化学反应的粒子对流—
彭长志 +5 more
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Evolution of cooperation among interacting individuals through molecular dynamics [PDF]
, 2007 由博弈论与生物学结合产生的进化博弈论，做为一个有效的数学框架，在研究达尔文进化论中有关合作演化行为时起了很重要的作用。而随之，它也被拓展运用于解释自然界和社会科学各领域中出现的各种合作演化行为。 同时分子动力学方法作为一种计算机模拟方法，能够真实地模拟事物的运动轨迹，是对受限条件下的实验的有利补充，已被广泛运用到物理学、生物学等各种体系的模拟中。 在本篇论文中，我们把分子动力学与进化博弈论相结合，通过借用“囚徒困境”和“雪堆博弈”来研究毫无相关的个体之间的合作演化行为。结果表明，引入空间结构能有助于提高“
戴晓彬
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Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 1999 报道作者近期在离子通道动力学方面所作的研究工作。以膜片钳记录信号的自相关函数为基础, 证实了离子 通道记忆性的存在,并提出两状态非线性随机模型和镶嵌点过程模型, 用于描述记忆性和门控动力学的特征, 这样做可以克 服 Markov 模型和分形模型所遇到的 3 项困难, 即状态不可辨认性、开关判定的主观性和时间间隔疏漏。另外 ,作者还提出了 连续分组平均时间检测法,帮助确定 Markov 模型中状态的个数,与多指数拟合法相比 ,此方法更直观和易于操作。
方积乾 刘向明 倪涛洋 胡性本 周文清 游志颖 李彩霞
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Molecular Dynamic Simulation on Flexible Binding of Broad-specific Neutralizing Antibody CDR3 with Avian Influenza Virus Receptor Binding Site (RBS) and Structure-based Rational Design of RBS-binding [PDF]
, 2017 流感病毒以其持续变异能力和在全球范围内的广泛传播，引发人类呼吸道传染病，严重威胁着人类的健康，是全球公共卫生的重大问题。每年都有大量的人感染流感病毒，或因季节性流感和流感大爆发而死亡。其中，禽流感病毒的威胁，尤其是H5N1型和H7N9型等高致病性禽流感病毒已逐渐成为对人类最具威胁的传染病之一。由于流感病毒的高度变异性，现有的疫苗研发策略需要每年更新流行株，而传统抗病毒药物的治疗效果也会受到影响，因此开发新型抗流感药物是流感防治的迫切需要。 流感病毒包膜外的血凝素蛋白是中和抗体识别的主要靶标 ...
毕行建
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