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Theoretical studies of proteins, protein complex and antimicrobial peptides-membranes through molecular dynamics simulations [PDF]
, 2014 生物大分子的动力学特征对其结构和生物学功能均有重要影响。本文利用分子动力学模拟研究了四个不同类型的生物大分子。 类弹性蛋白多肽(ELPs)在室温下可溶，但当温度高于其相变温度(Tt)时沉淀析出，异于普通蛋白质。ELP-KV8F在NVT系综分子动力学模拟结果显示其在盐溶液中收缩更为剧烈，ELP-KV8F在水溶液中收缩程度最强的温度为375K，而在1MNaCl盐溶液中则为350K。在较低温度条件下，升高温度使ELP-KV8F分子收缩程度更剧烈，当温度升高到一定极限后这种变化趋势反转 ...
李红春
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Shuitu Baochi Xuebao, 2017 为探明陕南矿区典型土壤（黄褐土和水稻田沙土）对Mn(Ⅱ)和Ni(Ⅱ)的吸附特性，采用振荡平衡法研究黄褐土与水稻田沙土对Mn(Ⅱ)和Ni(Ⅱ)的等温吸附过程，并用数学模型模拟其吸附动力学过程，结合红外光谱(FTIR)分析，探讨2种土壤吸附Mn(Ⅱ)和Ni(Ⅱ)的机理及其影响因素。结果表明：Mn(Ⅱ)和Ni(Ⅱ)在2种土壤中的吸附均在120 min达到平衡，黄褐土对于Mn(Ⅱ)和Ni(Ⅱ)的吸附能力远远高于水稻田沙土，黄褐土对Mn(Ⅱ)和Ni(Ⅱ)最大吸附量分别为2.12，1.19 mg/g，沙土对Mn(Ⅱ)
宋凤敏, 张兴昌, 葛红光
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The crystal structures of Histidine kinase YycG in active and inactive state [PDF]
, 2015 双组分信号转导系统（Twocomponentsignaltransductionsystem，TCS）由组氨酸激酶蛋白和对应的反应调控蛋白组成，是细菌中普遍存在的高效且重要的信号转导通路。其中YycFG双组分系统是目前已知分布最广泛的重要TCS之一，普遍存在于包括金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌和粪肠球菌等常见致病菌在内的低G+C含量的革兰氏阳性菌中。YycFG双组分系统在细菌的细胞壁代谢、细胞膜形成以及一些耐药菌株的抗药性中发挥着至关重要的作用。但是，YycFG双组分系统的信号转导机制和分子结构仍然不清楚 ...
蔡永飞
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Study of Iron Phase Transition Under High Pressure [PDF]
, 2005 本论文采用理论模拟的方法研究高压下铁的相变机制，分别采用了分子动力学（MD）和第一性原理（FirstPrinciple）两个当今最常用的理论方法进行模拟计算。本文首先采用分子动力学（MD）方法，结合原子间多体势函数，模拟了bcc铁（α-Fe）在高压下向hcp铁（ε-Fe）转变的过程。模拟过程中采用Akland等人提出的Fe的势函数作为原子间的多体势。在模拟过程中我们组建一个由1024个铁原子组成的热力学系统，在压强逐渐增大的过程中观测它的结构和性质所发生的一系列变化。通过模拟得出的c/a值 ...
沈雷
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He jishu海洋核动力小堆作为未来海洋核能应用的重要形式，其热工水力特性受到周期性流体波动和复杂运动的影响，增加了设计与安全评估的挑战。本研究旨在开发一种多尺度分析方法，通过适应性改造和多层次模拟，系统评估海洋条件下核动力小堆的热工水力行为与安全性。首先，选用STAR-CCM+作为改造系统分析、子通道和计算流体力学（Computational Fluid Dynamics，CFD）等程序的工具，对RELAP5源程序进行了修改，对海洋小堆进行简化建模，以适应海洋环境下的系统行为、组件传热、燃料棒束等关键特性；其次 ...
罗 涵禹, 宋 厚德, 刘 晓晶
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Surface Structure and Thermal Stability of Platinum Group Metallic Nanoparticles with High-Index Facets [PDF]
, 2017 铂族金属纳米粒子由于具有优异的催化性能，已被广泛地应用于燃料电池，石油化工，汽车催化转化器等领域。但是，稀缺的资源以及昂贵的价格严重地限制了它们的应用。为了满足工业上日益增长的需求，如何提高它们的催化活性和催化效率就成为了工业催化领域的一个关键问题。高指数晶面纳米粒子的成功合成为解决这一问题提供了一条新的途径。高指数晶面是指密勒指数{hkl}中至少有一个指数大于1的晶面。这类晶面拥有高密度的低配位原子，这些原子分布在具有高活性的催化位点，如台阶、棱边和扭结位。因此 ...
曾祥明
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Jingshui jishu近年来，水体污染问题日益突出，给河道环境造成巨大压力，故河道水环境破坏问题亟待解决。机器学习是一种基于大量监测数据的水质预测预警方法，是河道治理的新途径。【目的】本文旨在对比不同模型对不同水质指标的预测能力。【方法】本文以长江中下游平原某河流断面为例，首先通过显著性分析和主成分分析筛选出主要水质影响因子，随后根据自动监测站点数据选用支持向量机(SVM)和长短期记忆网络(LSTM)、门控循环单元(GRU)、时间卷积网络(TCN)神经网络模型对水质水平进行模拟。【结果】氨氮和溶解氧 ...
LÜ Ting +3 more
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Zhejiang Daxue xuebao. Lixue ban, 2014 采用耗散粒子动力学(DPD)模拟方法研究了向刚柔嵌段共聚物溶液中掺入均聚物的自组装行为，当掺入的刚性棒或柔性高分子链浓度不同时，由于刚性棒的取向性及柔性高分子链构象熵的变化，观察到了一系列丰富的相结构，如双层柱状、层状、层柱共混状、反转的空心柱状等.少量的均聚物和刚柔嵌段共聚物溶液共混后的密度分布显示，均聚物聚集于胶束相结构的中心.
ZHANGRuifen(张瑞芬) +2 more
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Evolution of cooperation among interacting individuals through molecular dynamics [PDF]
, 2007 由博弈论与生物学结合产生的进化博弈论，做为一个有效的数学框架，在研究达尔文进化论中有关合作演化行为时起了很重要的作用。而随之，它也被拓展运用于解释自然界和社会科学各领域中出现的各种合作演化行为。 同时分子动力学方法作为一种计算机模拟方法，能够真实地模拟事物的运动轨迹，是对受限条件下的实验的有利补充，已被广泛运用到物理学、生物学等各种体系的模拟中。 在本篇论文中，我们把分子动力学与进化博弈论相结合，通过借用“囚徒困境”和“雪堆博弈”来研究毫无相关的个体之间的合作演化行为。结果表明，引入空间结构能有助于提高“
戴晓彬
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Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 1999 报道作者近期在离子通道动力学方面所作的研究工作。以膜片钳记录信号的自相关函数为基础, 证实了离子 通道记忆性的存在,并提出两状态非线性随机模型和镶嵌点过程模型, 用于描述记忆性和门控动力学的特征, 这样做可以克 服 Markov 模型和分形模型所遇到的 3 项困难, 即状态不可辨认性、开关判定的主观性和时间间隔疏漏。另外 ,作者还提出了 连续分组平均时间检测法,帮助确定 Markov 模型中状态的个数,与多指数拟合法相比 ,此方法更直观和易于操作。
方积乾 刘向明 倪涛洋 胡性本 周文清 游志颖 李彩霞
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