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采用高通量测序分析全程自养脱氮(CANON)系统不同脱氮效能下的微生物群落结构
从微生物优势菌群构成角度揭示一体式全程自养脱氮反应器(completely autotrophic nitrogen removal overnitrite,CANON)启动、稳态运行及崩溃的微观机理,有助于优化调控微生物种群、增强CANON的脱氮效能.试验采用序批式反应器(sequencing batch reactor,SBR),以间歇曝气方式启动CANON系统(35益依1益),考察了CANON系统从启动、稳定到恶化过程的氮素转化率和微生物活性;同时对污泥样品采用16S r ...
Yan Yuan+5 more
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测序技术在生命科学研究中发挥着重要作用.研究人员借助第一代测序技术完成了人类基因组图谱的绘制,但其读取片段较长,一次仅读取数十条序列,导致测序结果的准确性受到影响,并且费时费力,因而很快被以高通量为主要特点的第二代测序技术所取代,其代表性技术包括美国罗氏公司的454技术、英国Illumina公司的Solexa技术和美国应用生物系统公司的SOLiD技术.新涌现的第三代测序技术,以单分子实时(single molecule real time,SMRT)测序技术[1]、Oxford的纳米孔测序技术[2 ...
马俊香, 段化伟, 郑玉新
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目的为我国高通量测序标准数据库的建设提供参考。 方法总结分析国内外高通量测序产品及数据库建设现状,剖析当前我国高通量测序标准数据库建设中亟待解决的问题。 结果与结论高通量测序是精准医疗重要的组成部分,国内外已批准多个高通量测序产品用于癌症等的临床诊治。但是,高通量测序能否在精准医疗中发挥更好的作用,还取决于是否有标准数据库用于准确地指导测序数据解读。随着高通量测序技术的发展,海量基因测序数据不断产生,如何建立中国人群基因变异解读标准数据库,用于评估和指导相关检测机构对致病基因的解读具有重大的现实意义 ...
杨振+13 more
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基于高通量测序分析青藏高原特有植物蓝玉簪龙胆(Gentiana veitchiorum)的SSR和SNP特征
利用Illumina HiSeqTM2500平台对青海省库泽县的蓝玉簪龙胆(Gentiana veitchiorum)进行高通量测序,共得到SSR序列8588条,对其SSR重复类型进行分析;三核苷酸重复类型所占的比例最大占54.7%(4696);其次是二核苷酸重复类型占41.3%(3543);四核苷酸重复类型,五核苷酸重复类型和六核苷酸重复类型所占的比例较少(共占4%)。在二核苷酸重复类型中AT/TA重复类型所占的比例最大分别为9.85%和9.5%。在微卫星中重复单元的长度大小和重复次数成负相关 ...
田尊哲+3 more
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基于 amoA 基因扩增子高通量测序的氨氧化古菌多样性分析方法
背景对于环境样品中氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea,AOA)多样性的研究,利用amoA功能基因作为分子标记会比16S rRNA基因有更强的特异性和更高的分辨率,能更准确地反映环境样品中氨氧化古菌的种群结构和分布特征。然而,目前对amoA基因扩增子高通量测序的分析存在两大限制因素:一是缺乏相应的amoA基因参考数据库;二是AOA amoA基因在种水平上的相似性阈值未知,分析过程中没有明确的划分种水平操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTU ...
Xiang He+13 more
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胆囊结石成因复杂,与胆固醇、胆红素和胆汁酸代谢障碍有关[1].胆囊结石不但可并发胆管感染、梗阻性黄疸、胰腺炎等较严重并发症,还与胆囊癌密切相关[2].本研究采用Illumina HiSeq 2500新一代高通量测序技术对胆囊结石患者进行mRNA表达谱差异筛选分析,并对得到的数据进行Gene Ontology(GO)和KEGG显著性富集统计,以期探索胆囊结石发病的分子基础,为胆结石的进一步研究提供理论依据。
Bin Yang+4 more
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基于Solexa高通量测序的唐古特红景天(Rhodiola algida)微卫星信息分析
利用所获得的Solexa高通量唐古特红景天转录组拼接EST序列进行微卫星位点的挖掘分析,期望为红景天属SSR标记的开发提供生物信息学依据。在得到的6552条EST序列中,三碱基最多,占总EST序列的41.50%;单核苷酸和二核苷酸重复类型的SSR含量相似,分别为27.76%和24.76%;二至六碱基微卫星分布密度与其对应的SSR含量成正比。在单核苷酸重复类型中,T和A重复类型最多,分别为总SSR的14.91%、12.70%,而G和C重复类型则很少;在二核苷酸重复类型中,AG重复类型最多,占总SSR的5 ...
雷淑芸+5 more
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