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Otimizações em um Workflow Científico de Alto Desempenho

Anais da VIII Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro (ERAD-RJ 2023), 2023
O artigo traz discussões sobre a eleição de modificações no formato de execução do workflow ParslRNA-Seq, que levam a melhora do desempenho e escalabilidade computacional, baseado em redução de gastos com operações de E/S com o uso de SSD em relação ao ...
L. Cruz, Micaella Coelho, Luiz M. R. Gadelha, C. Osthoff, Kary A. C. S. Ocaña   +4 more
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Workflow científico aplicado à modelagem cartográfica para espacialização da irradiação solar global no estado do Rio de Janeiro pelo método de Hargreaves-Samani

Revista Brasileira de Climatologia, 2022
A disponibilidade de dados de irradiação solar global (Hg) consistentes é restrita devido à baixa densidade espacial das estações que realizam medições de Hg e, ou a degradação das redes de observações meteorológicas. Uma alternativa para este problema é
Marciano da Costa Lima, G. B. Lyra, Andressa Fernandes dos Santos   +2 more
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Análise do Comportamento das Operações de Entrada e Saída de um Workflow Científico de Alto Desempenho

Anais da VII Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro (ERAD-RJ 2021), 2021
Apresentamos uma análise do comportamento das operações de E/S da versão do workflow científico ParslRNA-Seq, acoplada a ambientes de CAD. O artigo traz discussões sobre a eleição de quais modificações na modelagem do workflow levam à melhora do ...
L. Cruz, Micaella Coelho, Luiz M. R. Gadelha, C. Osthoff, Kary A. C. S. Ocaña   +4 more
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Conectando a eScience à Ciência da Informação

RDBCI: Revista Digital de Biblioteconomia e Ciência da Informação, 2023
Introdução: No ambiente da eScience, os objetos digitais de pesquisa são caracterizados por terem um ciclo de vida complexo e longo, que depende de diferentes contextos disciplinares e perspectivas de (re)uso. Este ciclo de vida começa antes do início da
L. Marques, L. F. Sayão
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Escalonamento de workflows científicos ciente de energia verde em servidores distribuídos

Anais da XIV Escola Regional de Alto Desempenho de São Paulo (ERAD-SP 2023), 2023
Com o uso da computação distribuída, as tarefas de um workflow científico podem ser escalonadas em vários servidores. O consumo atual de energia em servidores é bastante alto e muita desta energia é gerada por fontes não-renováveis.
Guilherme Almeida, M. Ó, Emílio Francesquini, D. Cordeiro   +3 more
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Workflows Científicos de RNA-Seq em Ambientes Distribuídos de Alto Desempenho: Otimização de Desempenho e Análises de Dados de Expressão Diferencial de Genes

Anais do XV Brazilian e-Science Workshop (BRESCI 2021), 2021
Apresentamos uma versão do workflow científico ParslRNA-Seq para análises de experimentos de Expressão Diferencial de Genes, acoplada a ambientes de Computação de Alto Desempenho, que mostrou melhoras no tempo total de execução de até 70%.
L. Cruz, Micaella Coelho, Rafael Terra, Diego Carvalho, Luiz M. R. Gadelha, C. Osthoff, Kary A. C. S. Ocaña   +6 more
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Gerência e Análises de Workflows aplicados a Redes Filogenéticas de Genomas de Dengue no Brasil

Anais do XV Brazilian e-Science Workshop (BRESCI 2021), 2021
Processos evolutivos e dispersão de genomas de Dengue no Brasil são relevantes na direção do impacto e vigilância endemo-epidêmico e social de arboviroses emergentes. Árvores e redes filogenéticas permitem exibir eventos evolutivos e reticulados em vírus
Rafael Terra, Micaella Coelho, L. Cruz, Marco-Túlio Garcia-Zapata, Luiz M. R. Gadelha, C. Osthoff, D. Carvalho, Kary A. C. S. Ocaña   +7 more
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Avaliação de Desempenho de um Workflow Científico para Experimentos de RNA-Seq no Supercomputador Santos Dumont

, 2020
Large-scale scientific experiments are considered complex due to modeling of their activities, execution and big data analyses. In bioinformatics these experiments are modeling as scientific workflows using the High Performance Computing and data science
L. Cruz, Micaella Coelho, Luiz M. R. Gadelha, Kary A. C. S. Ocaña, C. Osthoff   +4 more
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SIMBA: a web tool for managing bacterial genome assembly generated by Ion PGM sequencing technology [PDF]

, 2016
Background The evolution of Next-Generation Sequencing (NGS) has considerably reduced the cost per sequenced-base, allowing a significant rise of sequencing projects, mainly in prokaryotes. However, the range of available NGS platforms requires different
Aguiar, Edgar L., Azevedo, Vasco A. C., Barh, Debmalya, Benevides, Leandro, Figueiredo, Henrique C. P., Folador, Edson L., Ghosh, Preetam, Guimarães, Luís C., Mariano, Diego C. B., Oliveira, Letícia C., Pereira, Felipe L., Ramos, Rommel T. J., Silva, Artur, Sousa, Thiago J.   +13 more
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Investigando o Impacto de Containers no Desempenho de um Workflow Científico

, 2020
A descrição de workflows científicos através de uma linguagem padrão garante, entre outras coisas, portabilidade e escalabilidade aos fluxos de trabalhos científicos.
B. Alves, A. Charão
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