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Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2012 【目的】 利用microRNA芯片技术分析比较两组不同复发倾向肝癌患者的miRNA表达谱,并在更大样品的基础上进行实验验证?【方法】收集10例原发性肝癌组织标本根据术后复发情况分2组:早期复发组与非早期复发组,运用microRNA芯片技术筛选出差异表达显著的microRNAs?结合文献报道,选择mir-144?mir-502-3p作为其他82例肝癌组织标本qReal-time PCR验证的检测指标?并利用生物信息学方法预测其靶基因?【结果】本研究共筛选获得7个差异表达的microRNAs ...
区应亮, 侯宝华, 简志祥
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Genome-Wide Detection of Tissue-Specific Genes & Database Construction [PDF]
, 2010 组织特异表达基因（Tissue-SpecificGene）是指在某一种或少数几种组织或细胞中特异表达的基因。研究组织特异表达基因有助于我们更好地理解组织和基因的关系，有助于我们找到疾病的发病原因，同时有助于我们发现新的组织特异的药物靶点。 目前已出现不少研究组织特异表达基因的方法，包括传统的实验方法、高通量实验方法以及生物信息学方法。在使用生物信息学方法研究组织特异表达基因领域，虽然已经有了组织特异表达基因的数据库，例如GEO，ArrayExpress，TiGER，BODYMAP ...
肖生建
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Relationship between abnormal symptoms of Prader-Willi syndrome model --Snord116 deletion mice and Ghrelin signaling pathway [PDF]
, 2016 Prader–Willi综合症是以进食异常和血液Ghrelin异常升高为特征的遗传肥胖症。其病因是Snord116SnoRNA群的表达缺失。我们构建的Snord116del小鼠模型表现出贪食和血液Ghrelin升高等PWS症状。此次研究中，我们繁育野生型（WT）、Snord116del（SW）、Ghrl-/-（WG）、Ghsr-/-（WR）小鼠，并制备[Snord116del，Ghrl-/-]（SG）和[Snord116del，Ghsr-/-]（SR）双敲除小鼠，对其生长发育 ...
甘利芬
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Analysis of gene expression patterns based on microarrays [PDF]
, 2007 基因芯片含有寡核苷酸探针或者cDNA探针，用来在一次实验中同时测量成千上万个基因的表达水平。基因表达模式分析系统（GEPS：theGeneExpressionPatternScanner）是一个在线的交互式基因芯片数据分析平台，可对基因表达谱进行相关性分析，相似性分析和特异表达分析。这些分析模式是利用空间几何，相关性分析的方法，系统地、全局地鉴定的，并且有图形化和量化显示。用户可以设置分析时的阀值。另外，为了更好地理解基因表达模式 ...
王玉鹏
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Zhongguo shiyan zhenduanxue, 2000 ９０年代初，由美国Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ公司的Ｆｏｄｏｒ博士提出并开始基因芯片技术的研究。至今，ＤＮＡ芯片技术在医学各个 领域中已显示出巨大的发展潜力并取得一定成功，他以一次性检查上万个基因活动的优势相继在人类肿瘤疾病的研究、艾 滋病的研究、细菌感染患者的研究、遗传病的研究等临床医学各个领域中取得了巨大突破，并且成形的己用于临床诊断的 ＤＮＡ芯片已在１９９７年后相继问世并投入商业化生产。此技术对患者的发病机制，临床诊断，患者的预后及监控患者在用药 方面的临床反应，制定患者的治疗方案中发挥了极大的作用 ...
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应用基因芯片技术研究硫酸氨基葡萄糖对骨性关节炎相关炎性基因表达谱的影响
Zhongguo shiyan zhenduanxue, 2019 目的利用基因表达谱芯片技术对硫酸氨基葡萄糖作用于骨性关节炎关节软骨胶原酶和磷脂酶A2基因表达谱的改变进行研究,为硫酸氨基葡萄糖的作用机制提供基因学证据,并验证基因芯片技术检测胶原酶和磷脂酶A2基因表达差异的可靠性。方法收集9例软骨样本,其中正常膝关节软骨样本3例,6例来源于髋关节骨性关节炎关节置换软骨样本,体外分离培养组织样本。将每株细胞分为正常对照组、炎症对照组(炎症介质刺激)、药物干预组(硫酸氨基葡萄糖+炎症介质)。行基因芯片杂交,并进行芯片扫描和数据分析,分别对比正常对照组与炎症对照组 ...
桑平, 李高峰, 李雪鹏, 张季铠
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Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2021 目的筛选缺血性脑卒中的关键基因及重要信号通路，预测可能对脑卒中有用的药物。方法从GEO数据库下载GSE98319基因芯片数据，该数据包含了假手术组、大脑中动脉梗塞组（MCAO）小鼠的基因芯片检测结果。用R语言的Limma包对数据进行差异表达分析，P<0.05且|log2FC|>0.6的基因为差异表达基因。借助STRING网站构建差异表达基因的蛋白质相互作用网络（PPIN）后由Cytoscape软件进行核心子网络筛选及可视化输出。筛选出核心基因后用实时荧光定量PCR（qRT- PCR ...
于瑜, 王钟兴
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The Application of Multiple Classifier System to the Analysis of Microarray Datasets Based on Independent Component Analysis [PDF]
, 2011 基因微阵列技术是一种由物理学、微电子学与分子生物学几个领域综合交叉形成的高新技术，在生物学和医学研究中正受到越来越多的重视和应用。癌症基因微阵列数据分析使得在大规模基因水平上深入研究癌症的发生、扩散和转移等病理特征成为可能，并被公认为癌症研究与治疗的强大工具。然而，由于其高维小样本的特点，基于传统机器学习方法对基因微阵列数据进行研究分析难以取得好的结果。 由于集成学习系统能大幅度提高弱分类器的识别率，因而近年来，集成学习系统受到了研究者的广泛重视，并被应用于各种复杂数据的判别分析上 ...
黄丽冰
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[Analysis of Gene Variation in Thymoma by Microarray]. [PDF]
Zhongguo Fei Ai Za Zhi, 2020 Wang L, Yu L, Du X, Huo C.
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Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2020 【目的】为了研究合并心力衰竭的扩张型心肌病发生发展相关的差异基因与调控信号通路，利用生物信息学方法探讨了基因表达汇编（GEO）中的基因芯片和人类基因和遗传疾病的在线目录（OMIM）中扩张型心肌病相关基因。【方法】本研究选择了由德国波鸿大学Herz-&DiabeteszentrumNRW实验室利用临床病例心肌活检标本在GPL570平台进行测序并上传至GEO公共数据库的两张芯片基因集：GSE29819和GSE21610。将合并心力衰竭的扩张型心肌病和正常心脏功能的心肌活检标本分别作为实验组 ...
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