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霍乱弧菌新发菌株中
Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2022 目的探索霍乱弧菌新发菌株H1的六型分泌系统（T6SS）存在的转录调控机制。方法本研究以转录组测序为基础，分析H1株分别由于vipA敲除（H1ΔvipA），vipB敲除（H1ΔvipB）和clpV敲除（H1ΔclpV）时T6SS基因簇的转录水平，并对其差异基因进行了基因本体论（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集。结果发现H1ΔvipA有22个差异基因（FDR<0.01，|log2FC|≥1），其中有18个属于T6SS基因簇；并且除vipA外，其转录水平均呈上升趋势 ...
吴文轩, 郭扬, 张幸鼎, 赵文婧
doaj
Effect of STX5 on the metastasis of hepatocellular carcinoma and its mechanism [PDF]
Objective To investigate the effect of STX5 on the metastasis of hepatocellular carcinoma (HCC) and its mechanism. Methods Clinical data were collected from 36 patients who were diagnosed with HCC in our hospital from January to December 2015, and the ...
GUO Tingting, ZHAO Ziyin, HE Mingyang, WU Tiansong, XU Bin, ZHANG Bin, WU Zehua, HAN Bing
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Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2017 【目的】通过生物信息学的方法发现特发性肺纤维化（IPF）的致病基因并为进一步研究提供靶点。【方法】从 GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE53845、GSE24206、GSE10667，并使用GEO2R分析工具筛选出正常组织与IPF的差异 表达基因。在DAVID数据库中对差异表达基因进行GO分析和KEGG通路富集分析，以便找到IPF发病过程中差异表达基 因主要参与的生物功能及其集中的信号通路。为了研究差异表达基因与蛋白之间的作用关系，使用 STRING 和 CYTO ...
黄鑫炎, 郭禹标
doaj
Proteomic Response of Alexandrium catenella to Ambient Phosphorus Depletion and Resupplement [PDF]
, 2017 链状亚历山大藻（Alexandriumcatenella）是一种全球分布的有毒甲藻。研究表明，磷（Phosphorus，P）是链状亚历山大藻细胞生长和藻华形成的限制性因子。目前有关链状亚历山大藻对磷缺乏的生理生态响应已有一些研究，但对于其分子机制尤其是蛋白质层面上的研究仍较少。 本论文以链状亚历山大藻（A.catenella）为研究对象，运用iTRAQ（Isobarictagsforrelativeandabsolutequantitation）定量蛋白质组学技术，比较研究了A ...
陈颖
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, 2019 【目的】利用生物信息学的方法，对GEO和TCGA两个基因组学数据库进行分析，探究与前列腺癌相关的差异基因及相关的调控网络。【方法】综合GEO数据库的前列腺癌基因表达芯片数据（GSE46602、GSE55945）和TCGA数据库的RNA-seq数据，利用GEO2R及R语言的edgeR包进行基因差异分析，获得共同的显著差异基因，结合R语言的clusterProfiler包进行GO功能分析及KEGG通路分析，同时利用string网站进行蛋白互作网络分析，筛选出前列腺癌中调节蛋白表达量的关键基因 ...
李志标
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Effect of ghrelin gene knockout on the postsynaptic potential of dopaminergic neurons in the substantia nigra of mice [PDF]
Objective To study the effect of ghrelin gene knockout on the postsynaptic potential of dopaminergic neurons in the substantia nigra of mice. Methods Substantia nigra tissue was taken from 10-week-old ghrelin-/- male mice (ghrelin-/- group) and their ...
LIU Jing, LI Huanhuan, JIAO Qian, CHEN Xi, JIANG Hong, DU Xixun
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利用Illumina MiSeq测序平台分析健康与腹泻食蟹猴粪样菌群
野生动物学报, 2019 本试验通过对比健康与腹泻食蟹猴粪便菌群的差异，初步探讨腹泻对食蟹猴粪便菌群的影响。采集成年腹泻与健康食蟹猴粪样各6份，用细菌16Sr DNA通用引物扩增V3—V4 区，采用Illumina MiSeq测序平台对食蟹猴粪便微生物进行研究。结果表明，Alpha多样性指数分析，健康组与腹泻组的微生物多样性指数（Shannon、Simpson）差异不显著，群落丰富度指数（Chao、Ace）差异显著。PCA主成分分析，健康组与腹泻组粪便菌群具有明显的差异。通过对健康组与腹泻组物种菌群组成分析 ...
张飞燕 1 金洁 1 刘超 1 胡正飞 1 张玉林 1 谢丽分 1 邬继文 1 吕龙宝 1
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Transcriptomics-based Exploration of the Effects of Oviductus Ranae on Rats with Impaired Follicular Development [PDF]
Objective: The effects of Oviductus Ranae (OR) on cyclophosphamide-induced follicular developmental disorders were analyzed from the perspective of transcriptomics, which provided sufficient theoretical and experimental basis for the study of estrogen ...
Fengqing ZHANG +7 more
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谷胱甘肽还原酶影响结肠癌代谢及预后：一项基于蛋白组学与微阵列芯片分析的研究
Zhongguo shiyan zhenduanxue目的 探讨谷胱甘肽还原酶(Glutathione reductase, GSR)对结肠恶性肿瘤代谢的影响及其对结肠癌患者的预后价值。方法 通过蛋白组学差异分析获得结肠癌组织和正常结肠上皮组织的差异蛋白，并通过富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)分析鉴定代谢通路中的关键蛋白，进行生存分析和临床信息相关性分析。收集120例结肠癌患者手术病理标本制作组织微阵列芯片，进行免疫组织化学染色。结果 蛋白组学差异分析共鉴定出1 209个差异表达蛋白。KEGG富集分析显示，差异蛋白显著富集于代谢通路 ...
吴惧 +4 more
doaj
Differential Transcriptome Sequencing and Critical Gene Identification on Escherichia coli with Soluble Overexpression [PDF]
, 2017 随着生物技术的快速发展，对快速获取重组蛋白的需求日益增加，如何获得 高效的蛋白表达系统变得越来越关键。蛋白表达系统是基因工程技术的核心，通 常指的是利用模式生物，如细菌、酵母等微生物细胞或者动植物细胞作为表达宿 主表达外源蛋白的生物学系统。其中以大肠杆菌作为宿主的大肠杆菌表达系统由 于其细胞繁殖速度快、产量高、价格便宜、表达量高、抗污染能力强、遗传背景 明确等优点而被广泛应用，同时大肠杆菌表达系统也是最早被研究并且被成熟应 用的蛋白表达系统。尽管如此，该系统在实际应用时仍然会受到各种因素的影响 ...
洪奇阳
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