肾透明细胞癌差异表达基因的筛选及其核心基因相应miRNA和lncRNA 预测分析 [PDF]
Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2018 【目的】筛选肾透明细胞癌（ccRCC）中差异表达基因并其相关miRNA和lncRNA，寻找可作为ccRCC诊断及治疗的生物标志物。【方法】通过从TCGA数据库和GEO数据库筛选ccRCC差异表达基因并取交集，对差异表达基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析，使用MCODE软件筛选出差异表达基因中的核心基因，并利用mirDIP 数据库和STARBASE 数据库对核心基因上游的miRNA 和lncRNA 进行预测。【结果】共筛选出427个差异表达基因，这些差异表达基因在GO功能分析上主要与催化活性 ...
朱合欢 +5 more
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Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2019 【目的】利用生物信息学的方法，对GEO和TCGA两个基因组学数据库进行分析，探究与前列腺癌相关的差异基因及相关的调控网络。【方法】综合GEO数据库的前列腺癌基因表达芯片数据（GSE46602、GSE55945）和TCGA数据库的RNA-seq数据，利用GEO2R及R语言的edgeR包进行基因差异分析，获得共同的显著差异基因，结合R语言的clusterProfiler包进行GO功能分析及KEGG通路分析，同时利用string网站进行蛋白互作网络分析，筛选出前列腺癌中调节蛋白表达量的关键基因 ...
李志标
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基于生物信息学途径筛选缺血性脑卒中关键基因及药物预测 [PDF]
Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2021 目的筛选缺血性脑卒中的关键基因及重要信号通路，预测可能对脑卒中有用的药物。方法从GEO数据库下载GSE98319基因芯片数据，该数据包含了假手术组、大脑中动脉梗塞组（MCAO）小鼠的基因芯片检测结果。用R语言的Limma包对数据进行差异表达分析，P<0.05且|log2FC|>0.6的基因为差异表达基因。借助STRING网站构建差异表达基因的蛋白质相互作用网络（PPIN）后由Cytoscape软件进行核心子网络筛选及可视化输出。筛选出核心基因后用实时荧光定量PCR（qRT- PCR ...
于瑜, 王钟兴
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Study on the gene expression profile in the bone tissue in primary osteoporosis with kidney-yang deficiency syndrome [PDF]
, 2017 目的通过检测原发性骨质疏松症不同中医证型患者骨组织基因表达谱的差异,探讨原发性骨质疏松症肾阳虚证相关基因的信息学特征。方法随机选择原发性骨质疏松; 症患者,中医辨证分型为肾阳虚证组3例,肾阴虚证组3例,无肾虚证组3例,并选择正常骨密度人群3例设为正常对照组。用人全基因组表达谱芯片检测4组人群; 骨组织基因表达谱,筛选共同的差异表达基因,并对这些差异表达基因进行基因通路等相关功能分析。结果肾阳虚证组与正常对照组、肾阴虚证组、无肾虚证组的差; 异表达基因分别为2631条、3976条、6184条 ...
冯尔宥 +6 more
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Zhongguo shiyan zhenduanxue, 2022 目的 探讨膀胱癌发病的关键基因以及发病机制通路。方法 通过GEO数据库搜索膀胱癌基因芯片测序结果，计算机R语言（limma数据包）对测序原始数据进行均一化处理，GEO2R检测差异基因，通过芯片融合分析锁定共同发病基因。使用最新版本生物信息学分析对膀胱癌测序结果进行数据挖掘，包括DAVID基因转换、基因本体分析、KEGG信号通路分析，STRING蛋白互作分析，Cytoscape可视化处理，cytohubba筛选膀胱癌关键基因。结果GSE61615包含2例膀胱癌组织和2例癌旁正常组织 ...
邢晨 +4 more
doaj
Sevoflurane inhibits the differentiation and development of neural progenitor cells into neurons in the prefrontal cortex of newborn mice [PDF]
, 2023 Objective·To investigate the mechanism of sevoflurane damaging neuron development in the prefrontal cortex (PFC) of the neonatal mice after single or multiple sevoflurane anesthesia based on the single-cell RNA sequencing (scRNA-seq).Methods·The neonatal
LIU Siyu, ZHANG Lei
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Transcriptomic study of a toxin-producing dinoflagellate Alexandrium catenella [PDF]
, 2015 亚历山大藻（Alexandriumspp.）是一种能够产生麻痹性贝类毒素（paralyticshellfishtoxins，PSTs）的海洋甲藻，广泛分布于近海环境中。近年来由其产生的毒素导致的海洋生物死亡及人类中毒事件频发，严重威胁到近海生态系统、水产养殖业、人类健康和生命财产安全，已成为一个全球性的环境和健康问题。虽然目前在亚历山大藻毒素来源及产毒生理方面取得了较大进展，但对毒素合成机制的了解仍较少。 本论文以有毒链状亚历山大藻（Alexandriumcatenella）为研究对象 ...
张勇
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The Study of Ultrastructure、ATP、Calcium and RNA-Seq in fertile and sterile anthers of Lycium Barbarum L. [PDF]
, 2016 高等植物的雄性不育是杂种优势利用的基础，避免了去雄的繁杂程序。植物雄性不育的种类很多，形成原因也很复杂，对雄性不育机理的探索一直是一个热门研究领域。枸杞雄性不育系是近年来新发现的一种不育类型，具有很大应用潜力，为了明确其雄性不育发生的机制并更好地开发利用这一宝贵种质资源，我们从结构、生理和分子生物学等几个方面展开了研究。 本研究以可育系宁杞1号和不育系宁杞5号为实验材料，用超微结构、ATPase和Ca2+的细胞化学定位，以及转录组和数字基因表达谱研究了枸杞花药发育的特征并比较了不育花药形态 ...
杨淑娟
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Screening and Cloning the Heavy Metal Tolerance-associated Genes in Avicennia marina (Forsk.) under Cadmium stress by Suppression Subtractive Hybridization [PDF]
, 2015 白骨壤(Avicenniamarina)作为红树林的先锋树种，广泛分布于海岸河口的低潮带，其独特的生物学和生态学特性为探索红树植物对重金属耐受性的分子机理提供了最佳的研究对象。红树林生态系统虽然承受大量重金属污染物胁迫，但对重金属污染物却表现出很强的耐受性和抗性，其中白骨壤对重金属的耐受性较其他红树植物更为突出。本研究以红树植物白骨壤为材料，研究重金属污染物镉(Cadmium)胁迫下的白骨壤幼苗基因表达差异，寻找与重金属耐受性相关的候选基因，并为红树植物的基因组研究建立相关的基因文库 ...
张骥诚
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Entry and Molecular Regulation of White Spot Syndrome Virus (WSSV) into Crayfish Hpt cell [PDF]
, 2014 白斑综合征病毒(Whitespotsyndromevirus，WSSV)是对虾的主要病原，该病毒致死率高、传染性强、宿主范围广，是水生甲壳类动物中最为严重的病毒性病原之一。因此，加深对WSSV感染致病机理的理解，寻找高效抗病毒防治方法，意义重大。培养细胞是病毒感染研究的有力工具，在甲壳动物原代细胞培养研究中，螯虾造血组织干细胞(Haematopoietictissuestemcell，Hptcell)—Hpt细胞培养较为稳定，是WSSV感染研究的首选。本研究以红螯螯虾 ...
陈荣元
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