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Zhongguo shiyan zhenduanxue, 2022 目的 探讨膀胱癌发病的关键基因以及发病机制通路。方法 通过GEO数据库搜索膀胱癌基因芯片测序结果，计算机R语言（limma数据包）对测序原始数据进行均一化处理，GEO2R检测差异基因，通过芯片融合分析锁定共同发病基因。使用最新版本生物信息学分析对膀胱癌测序结果进行数据挖掘，包括DAVID基因转换、基因本体分析、KEGG信号通路分析，STRING蛋白互作分析，Cytoscape可视化处理，cytohubba筛选膀胱癌关键基因。结果GSE61615包含2例膀胱癌组织和2例癌旁正常组织 ...
邢晨 +4 more
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Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2005 【目的】 研究子宫肌瘤与正常子宫肌组织中的基因表达差异，筛选及克隆子宫肌瘤的致病相关基因。【方法】 应用荧光标记的mRNA差异显示技术，比较11例子宫肌瘤及其正常子宫肌组织基因表达的差异，对获得差异片段进行克隆、测序及同源性分析，并对其中5条差异片段在子宫肌瘤及正常子宫肌组织中的表达情况进行RT-PCR分析。【结果】 差异片段NO.3，5，11，12在子宫肌瘤正常及异常组织中的表达均存在差异。其中NO.3差异片段在8例子宫肌瘤组织中有表达，而相应的正常组织中仅2例有表达。NO.5，11 ...
李小毛 +5 more
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四川大学学报. 自然科学版, 2013 茎瘤芥是十字花科芸薹属植物的变种.本研究在前期的转录组测序和数字基因表达谱(DGE)测序的基础上进一步对榨菜的根组织进行了测序和分析.通过高通量RNA-Seq测序我们获得了高质量的数字基因表达谱数据超过一千万条,其中有约71%能比对到参考基因序列上.我们将根组织的数字基因表达谱数据与榨菜瘤茎膨大过程中的3个时期的数字基因表达谱数据进行了比较,获得了共有的(3组差异表达基因的交集)差异表达基因共3594个,对这些差异表达基因的表达趋势可以分为8个簇.同时对这些差异基因进行代谢途径的功能注释 ...
孙全 +5 more
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肾透明细胞癌差异表达基因的筛选及其核心基因相应miRNA和lncRNA 预测分析
Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2018 【目的】筛选肾透明细胞癌（ccRCC）中差异表达基因并其相关miRNA和lncRNA，寻找可作为ccRCC诊断及治疗的生物标志物。【方法】通过从TCGA数据库和GEO数据库筛选ccRCC差异表达基因并取交集，对差异表达基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析，使用MCODE软件筛选出差异表达基因中的核心基因，并利用mirDIP 数据库和STARBASE 数据库对核心基因上游的miRNA 和lncRNA 进行预测。【结果】共筛选出427个差异表达基因，这些差异表达基因在GO功能分析上主要与催化活性 ...
朱合欢 +5 more
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Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2017 【目的】通过生物信息学的方法发现特发性肺纤维化（IPF）的致病基因并为进一步研究提供靶点。【方法】从 GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE53845、GSE24206、GSE10667，并使用GEO2R分析工具筛选出正常组织与IPF的差异 表达基因。在DAVID数据库中对差异表达基因进行GO分析和KEGG通路富集分析，以便找到IPF发病过程中差异表达基 因主要参与的生物功能及其集中的信号通路。为了研究差异表达基因与蛋白之间的作用关系，使用 STRING 和 CYTO ...
黄鑫炎, 郭禹标
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Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2007 【目的】应用miRNAs芯片筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，并寻找差异表达miRNAs调控的靶基因，为进一步研究其在鼻咽癌发病机制中的作用打下基础。【方法】运用miRNAs芯片技术筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，同时运用miRNAs特异的引物组对差异表达的miRNAs进行荧光定量RTPCR验证。运用靶基因预测软件并结合全基因组表达谱芯片结果预测差异表达miRNAs可能调控的靶基因，并利用westernblot技术检测预测的靶基因在原代培养的鼻咽癌细胞中的表达。【结果 ...
李晓霞 +4 more
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Zhongguo shiyan zhenduanxue, 2010 目的利用基因芯片筛选与精子发生相关的基因,并研究其表达特征。方法将4 d、9 d、18 d、35 d、54 d和6月龄小鼠睾丸组织cDNA与Affymetrix全基因组芯片进行杂交,筛选出差异表达的基因。通过RT-PCR分析差异表达基因在小鼠睾丸不同发育阶段中的表达。结果分析Affymetrix全基因组芯片杂交结果后,筛选得到1个差异表达杂交点,通过在NCBI网站与小鼠全基因组序列Blast分析可知该差异表达基因是Rfx2基因。该基因在4 d、9 d、18 d、35d、54 ...
王朝亮 +7 more
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四川大学学报. 自然科学版, 2010 为了研究辛伐他汀治疗高胆固醇血症过程中肝脏的差异表达基因,我们利用抑制消减杂交(SSH)技术构建了高胆固醇血症小鼠及高胆固醇血症经辛伐他汀治疗小鼠的肝脏双向差异表达基因文库,并采用改进的negative subtraction chain(NSC)方法去除正向文库的绝大部分假阳性背景,使得SSH文库的容量缩小了近50倍,对筛选到14个差异表达克隆再经过斑点杂交验证,最终获得8个阳性克隆.经DNA序列测定和基因功能分析,结果表明,辛伐他汀治疗高胆固醇血症过程中,小鼠肝脏差异表达的已知功能基因主要有以下几类:
闫雯琦 +5 more
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Zhongguo shiyan zhenduanxue, 2007 目的探讨β-连环蛋白（β-cat）在卵巢癌组织中的表达及意义。方法①应用4097点基因芯片对5例卵巢癌及5例正常卵巢组织进行基因表达谱分析,筛查差异表达基因。②对60例卵巢癌组织、24例卵巢瘤组织及24例正常卵巢组织石蜡标本进行免疫组织化学方法染色,检测β-cat的表达情况,分析β-cat的表达与临床分期及组织分级的相关性。结果①基因芯片筛查出卵巢癌差异表达基因58个,其中基因表达增高（上调趋势）30个,基因表达降低（下调趋势）28个,β-cat为表达增高基因。②β ...
张晓霞 +4 more
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食管癌组织中ADAMTS1、ADAMTS18基因mRNA的表达及其意义
Zhongguo shiyan zhenduanxue, 2021 目的探讨ADAMTS1和ADAMTS18基因在食管鳞状细胞癌组织中的表达及其与食管鳞状细胞癌临床病理特征的关系。方法应用半定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法分别检测70例食管鳞状细胞癌组织及癌旁正常组织中ADAMTS1、ADAMTS18的mRNA表达,并分析基因表达与临床病理资料之间的关系。结果食管鳞状细胞癌组织中ADAMTS1、ADAMTS18基因的mRNA表达水平显著低于相应的癌旁正常组织(P0.05),ADAMTS1基因mRNA在有淋巴结转移组的表达量高于无淋巴结转移组(P0.05 ...
尹蕾 +5 more
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