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一种改进的方法提取白头鹤粪便DNA

open access: yes野生动物学报, 2011
现有的粪便DNA提取方法通用性不好,DNA纯度不高不适用于白头鹤等水鸟,本研究探索一种改进的硫氰酸胍裂解法。通过线粒体DNA细胞色素b、控制区基因和微卫星DNA的PCR扩增及线粒体DNA控制区序列的测定,经琼脂糖凝胶电泳检测以及测定序列显示,提取的DNA模板纯度高,效果很好,证实改进方法的可靠性、有效性。为其他濒危水鸟的非损伤取样提供了新的材料和方法,为其保护遗传学的研究提供一定的新技术。
代艳丽, 周立志
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基于粪便DNA分析技术的东北马鹿种群遗传学研究

open access: yes野生动物学报, 2007
目前,栖息地的破坏是野生动物处于濒危状态的主要因素之一。东北马鹿是国家重点保护动物,近年来,人类活动的干扰使其生境明显减少并呈斑块状分布,这将使东北马鹿的种群遗传结构发生变化。然而,在野生动物遗传结构研究中,传统的取样方法直接或间接地对动物造成了伤害。因此,本文以粪便为研究材料,对来自完达山地区的9个东北马鹿样品进行mtDNA序列分析,共发现29个变异位点,定义了7个单倍型,其单倍型多样性(h)平均值为0.917、核苷酸多样性(π)平均值为2.803,种群总体遗传多样性较高 ...
刘艳华, 张明海
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不同生活环境天鹅肠道菌群的多样性分析

open access: yes野生动物学报, 2020
为了探究在不同生活环境的天鹅肠道菌群的差异,我们从3个地点收集了4组天鹅的粪便样品,A组样品来自河南农业大学的黑天鹅(n=3),B组样品为郑州市动物园的黑天鹅(n=4),C组(n=4)和D组(n=4)样品来自迁徙至三门峡越冬的大天鹅。使用粪便DNA提取试剂盒提取粪便DNA,采用Illumina Hiseq平台进行细菌16S rRNA 基因V4—V5区域高通量测序,将下机数据经过处理和拼接后用于研究肠道菌群的差异。结果显示,A组的OTU个数显著高于其他组,OTU主成分与其他组有较大差异 ...
曹乐天 1 王璐阳 1 张艺凡 2 张凯慧 1 董睿龙 2 王悦欣 1 李丰波 2 张龙现 1
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黑龙江省完达山东部林区马鹿微卫星位点的筛选

open access: yes野生动物学报, 2010
利用黑尾鹿、白尾鹿等近缘物种的18对微卫星引物,对2个东北马鹿肌肉DNA样品和176个粪便DNA样品进行扩增,通过毛细管电泳法筛选适合东北马鹿的微卫星位点。结果表明,其中3个位点为高度多态性位点(PIC>0.5),1个为中度多态性位点(0.5>PIC>0.25)。共检测到26个等位基因片段,平均每个位点6.5个等位基因。多态信息含量0.393~0.827,个体识别率0.643~0.958,累积个体识别率为0.9999,累积非父排除率为0.9976。这4个多态性微卫星位点为东北马鹿的遗传研究提供了理论依据。
张辉, 张明海, 罗理扬
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基于16S rDNA基因测序探讨咳嗽变异性哮喘与肠道菌群的关系

open access: yesZhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2022
目的基于“肺与大肠相表里”中医理论和16S核糖体DNA(16S rDNA)基因测序技术,探讨卵清蛋白(OVA)诱导的咳嗽变异性哮喘(CVA)对小鼠肠道菌群的影响。方法20只BALB/c雌性小鼠随机分为模型组和对照组,以OVA致敏并激发制备CVA小鼠模型。记录小鼠体质量、咳嗽次数及咳嗽潜伏期,肺组织进行病理学检查,16S rDNA高通量测序分析粪便菌群。结果与对照组相比,模型组小鼠一般状态较差,躁动不安,抓耳挠腮,体质量下降(P< 0.01),咳嗽次数增多(P< 0.01),咳嗽潜伏期缩短(P&
沈灵   +5 more
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粪便样品取样部位对东北虎食性分析的影响

open access: yes野生动物学报
粪便是开展野生动物种群生态学、遗传特征、疾病与健康状况等研究的重要样品。由于东北虎(Panthera tigris altaica)种群处于濒危状态,粪便样品收集困难,为满足多种研究目的,同一样品往往被分成不同部分用于不同分析。然而部分取样以及不同部位间的差异是否会影响研究结果并未得到科学验证。为此,本研究基于野生东北虎粪便样品,运用DNA宏条形码技术分析东北虎的食物组成,并比较不同粪便取样部位间的结果差异。结果显示:东北虎的食物组成包括野猪(Sus scrofa)、梅花鹿(Cervus nippon)、
吴净雨   +8 more
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应用cytb序列鉴定野鼠粪便中的广州管圆线虫感染

open access: yesZhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban
目的应用多种分子标记,评估其在鉴定广州市花都区花山镇野鼠粪便中的广州管圆线虫的有效性,并分析野鼠的感染状况。方法捕获广州花都区花山镇128只野鼠,采集野鼠粪便,采用FastDNA SPIN Kit for Soil试剂盒提取粪便总DNA,通过PCR扩增获得cytb、cox I和ITS2片段,PCR产物经测序鉴定,并对测序产物进行系统发育分析。结果通过PCR扩增和测序鉴定,仅有5份样本扩增出的cytb序列没有套峰,可以准确鉴定为广州管圆线虫。结果表明该地区褐家鼠的广州管圆线虫感染率为7.58%(5/66),
吕进微   +4 more
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褐马鸡非损伤性取样、微量取样DNA提取的初步研究

open access: yes野生动物学报, 2010
褐马鸡是中国特有的国家Ⅰ级保护濒危鸟类,为了解决野生褐马鸡分子生物学研究中存在的取样局限性,采用非伤害性取样和非损伤性取样,对褐马鸡微量血液、皮、脚垫、指甲、羽毛、陈旧标本的皮以及粪便的DNA提取进行了初步研究。结果表明,从褐马鸡微量血液(10μL)中可以提取到浓度和纯度高的基因组DNA(41.85μg);从褐马鸡的皮、脚垫、指甲、羽毛中可以提取出基因组DNA并扩增出目标片断;陈旧标本的皮能够提取到基因组DNA。该研究将拓宽褐马鸡分子生物学研究的采样范围,并可以提高野外非损伤性取样在保护遗传学中的应用。
武玉珍, 王孟本, 张峰
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大熊猫粪便中线粒体基因库特点研究

open access: yes野生动物学报
为了解大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道脱落细胞中线粒体DNA(mtDNA)的异质性特点及其与年龄的关系,以92只不同年龄的大熊猫粪便为材料,通过扩增子高通量测序研究非编码的D-loop区、编码rRNA的16S rRNA区以及编码蛋白质的ND1和ND2区的异质性。结果显示:D-loop区存在3个异质性热点区段,突变碱基的数量远远高于其他3个编码区;D-loop区TS/TV小于16S rRNA和ND两个编码区,表明后两者较D-loop区受到更强烈的纯化选择 ...
李晓达   +8 more
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圈养虎迟缓爱德华氏菌的分离鉴定及药敏分析

open access: yes野生动物学报, 2018
从南昌市动物园华南虎新鲜粪便分离出24株菌株,选择7株菌株提取DNA做模板,分别命名为NCH01~NCH07; PCR扩增16S rRNA基因、测序分析。结果发现NCH01、NCH02、NCH04~NCH07 16S rRNA基因与大肠杆菌的16S rRNA同源性均达99%,为大肠杆菌; 而NCH03与迟缓爱德华氏菌(AB050829.1)16S rRNA基因同源性达100%。利用NCBI中BLAST工具进行基因同源性分析和MEGA6.05软件构建系统发育进化树分析鉴定了NCH03菌株为迟缓爱德华氏菌 ...
陈茂金 黄海玲 付党华 黄 萃 邬向东
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