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Bioinformatic analysis on SSR information in duckweed transcriptome
, 2015 为开发浮萍分子标记技术,采用高通量测序技术获得浮萍转录组原始实验数据,经过生物信息学软件Trinity拼接后,获得74 797条unigene.进一步采用生物信息学分析软件MISA对所有的unigene进行SSR位点数据挖掘.共计搜索出14 250个SSR位点,分布在12 707条unigene中,出现频率为19.05%,SSR平均长度为19 bp,平均分布频率是1/6.57 kb.在浮萍转录组的SSRs中,二核苷酸与三核苷酸重复序列为主要重复类型,分别占总SSRs的70.74%和25.37 ...
赵海 +5 more
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, 2011 二代测序技术及全基因组多样性比较是现代生物学及信息科学研究的热点,对基因组中转座元件(Transposable element)的分析已成为基因组比较分析的重要组成部分。目前对于转座元件的种类、数量和组成的挖掘和分析一般是基于完全拼接后的全基因组序列,对在此之前的海量短片段序列后期处理及拼接仍是目前基因组研究的盲点,以转座元件为主的重复序列在拼接过程中也存在着不可避免的拼接误差或丢失,给转座元件系统的分析带来不确定。文章旨在建立一套分析流程,对铜绿微囊藻NIES 843全基因组构建的罗氏(Roche ...
肖鹏, 李仁辉
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, 2000 【目的】构建携 HBx 基因的逆转录病毒载体, 为研究 HBx 基因与肝癌生物学行为间的关系提供基础。【方法】采 用 PCR 技术从 HBV 全基因组中扩增 HBx 基因; 将 HBx 基因亚克隆至质粒 pLNSX, 构建质粒 pLNSHBx,磷酸钙-DNA 共沉淀 法将重组体导入包装细胞系 PA317, 检测培养上清病毒滴度。【结果】应用 PCR 技术成功地从 HBV 基因组中克隆出全长 HBx 基因, 并经序列分析证实; 建立了产病毒细胞株 PA317/HBx,检测其培养上清病毒滴度为 8.
闵 军, 刘彦文, 陈积圣
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HBsAg及 B7-1 双表达重组逆转录病毒载体的构建 [PDF]
, 2000 【目的】为探索共刺激分子 B7-1 增强 HBsAg 真核表达载体基因免疫的效果,并用于消除乙肝免疫耐受。【方法】 用高保真 PCR 法扩增目的基因片段 B7-1 及带接头和启动子的 IRES-HBs 基因片段,亚克隆到 pBluescript KS+载体中测序,再 克隆到逆转录病毒载体 PLXSN 中。【结果】所扩增的目的基因片段经测序证实, 未发现序列有改变。先将 B7-1 通过 EcoR Ⅰ 、Xho Ⅰ插入 plxsn 中,构建成 plxsn-B7-1, 再用 Xho Ⅰ 、 BamHⅠ将 ...
周 智 +4 more
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, 2016 为通过改良产油杜氏藻制备生物柴油,利用Illumina Hiseq 2000平台对氮限制和氮源充足条件下的产油杜氏藻进行了转录组测序,筛选到1 529个差异表达基因。对这些差异表达基因进行分析,结果表明众多基因涉及内吞作用、甘油磷脂代谢、醚脂代谢,遗传物质的合成、传递和加工 ...
王忠铭 +4 more
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, 2009 采用RT-PCR的方法,以不同发育时期的鲤鱼胚胎和幼鱼为材料,研究了与鱼类生殖相关的HPG轴以及与生长相关的GH/IGF轴中GnRH、GtH以及GH、GHR和IGF重要信号分子的转录起始特征。结果显示,sGnRH、cGnRH、GtH-Iβ亚基和GHR于鲤鱼胚胎受精后20h开始转录,IGF-1于受精后23h开始转录,GtH-IIβ亚基于受精后26h开始转录,GtHα亚基于受精后46h开始转录,GH于1dph(孵出后第1天)开始转录。其中,GHR和IGF-1均早于GH开始转录,
卢月娇, 朱作言, 胡炜
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, 2000 比较了hGH转植基因在F4代的转MThGH基因鱼, F4代胚胎细胞的核移植后代, 以及F4代尾鳍培养细胞的核移植后代中的转录时序差异. RT-PCR实验结果表明, hGH基因在转基因鱼F4代胚胎中从原肠早期开始转录; F4代胚胎细胞核移植的后代在囊胚早期已能检测到hGH基因转录本; F4代尾鳍培养细胞核移植的后代自16胞期就出现hGH基因的转录．上述结果表明, 鲤鱼卵细胞质对分化细胞核特定基因的再程序化能力是有限的 ...
孙永华,陈尚萍,汪亚平,朱作言
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基于比较转录组学的灰葡萄孢霉菌（Botrytis cinerea）TBC-A中脱落酸合成和调控相关基因研究
, 2015 脱落酸【S-(+)-abscisic acid, ABA】是重要的植物生长调节剂，在农林业生产等领域具有广阔的应用前景。通过对丝状真菌灰葡萄孢霉菌（Botrytis cinerea）的液体发酵已经实现了ABA的规模化生产，但是到目前为止对真菌中ABA的生物合成机理及调控机制的研究还比较有限。为了进一步揭示B. cinerea中ABA生物合成和代谢调控的分子生物学机制，本论文首先通过比较转录组学的方法分析了ABA高产灰葡萄孢霉菌突变菌株B. cinerea TBC-A及其出发菌株B. cinerea Bc-
丁忠涛
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, 2008 由于对真核生物基因转录延伸期研究的忽视,现有的真核生物基因转录理论存在种种的偏颇。然而,新近的研究发现却使人们逐渐认识到,真核基因转录延伸阶段其实是真核细胞调节基因转录的一个高度有序、而又极为复杂的调控平台。本文尝试对近年来真核生物基因转录延伸领域的研究进展,包括转录延伸与mRNA加工的偶联、基因转录延伸调控的分子机理以及转录延伸调控对发育和应激反应产生的影响 ...
陈瑞川, 刘敏, 艾南平
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, 2016 摘 要： 【目的】 探讨ｍｉＲＮＡ－２１转录调控因子ＡＰ－１、ＳＴＡＴ３、ＮＦＩ１、ＣＢＰ、ＥＢＰ、ＴＧＦ－β、ＢＭＰ－６、ＧＦＩ１的结构特征及其与ｍｉＲＮＡ－２１转录结合位点。【方法】 利用生物信息学工具分析ｍｉＲＮＡ－２１转录调控因子的理化性质、三级结构、跨膜区、信号肽、亚细胞定位及预测与ｍｉＲＮＡ－２１转录结合位点。【结果】 等电点分析表明ＳＴＡＴ３等电点小于７．０，其余７个转录调控因子等电点大于７．０；脂溶指数分析显示，ＥＢＰ脂溶指数大于１００，为亲水性蛋白 ...
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