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霍乱弧菌新发菌株中
Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2022 目的探索霍乱弧菌新发菌株H1的六型分泌系统（T6SS）存在的转录调控机制。方法本研究以转录组测序为基础，分析H1株分别由于vipA敲除（H1ΔvipA），vipB敲除（H1ΔvipB）和clpV敲除（H1ΔclpV）时T6SS基因簇的转录水平，并对其差异基因进行了基因本体论（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集。结果发现H1ΔvipA有22个差异基因（FDR<0.01，|log2FC|≥1），其中有18个属于T6SS基因簇；并且除vipA外，其转录水平均呈上升趋势 ...
吴文轩, 郭扬, 张幸鼎, 赵文婧
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Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban, 2017 【目的】通过生物信息学的方法发现特发性肺纤维化（IPF）的致病基因并为进一步研究提供靶点。【方法】从 GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE53845、GSE24206、GSE10667，并使用GEO2R分析工具筛选出正常组织与IPF的差异 表达基因。在DAVID数据库中对差异表达基因进行GO分析和KEGG通路富集分析，以便找到IPF发病过程中差异表达基 因主要参与的生物功能及其集中的信号通路。为了研究差异表达基因与蛋白之间的作用关系，使用 STRING 和 CYTO ...
黄鑫炎, 郭禹标
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Effectes of perfluorooctanoic acid exposure on mouse embryonic osteoblast precursor cells and its molecular mechanisms [PDF]
ObjectiveTo explore the biological mechanism of bone loss caused by perfluorooctanoic acid (PFOA) through transcriptomic analysis, and to provide new insights into regulating perfluoroalkyl substances (PFAS) applications and the prevention of hazards ...
JIN Yu'e +5 more
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Comparison of human-induced pluripotent stem cell-derived macrophages with peripheral blood-derived macrophages using single-cell genomics [PDF]
Objective·To explore the heterogeneity in single-cell genomics between human-induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived macrophages (IPSDM) and human peripheral blood-derived macrophages (PBDM).Methods·iPSCs were differentiated into IPSDMs in vitro ...
HOU Guojun, SHEN Nan, ZHANG Yutong
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利用Illumina MiSeq测序平台分析健康与腹泻食蟹猴粪样菌群
野生动物学报, 2019 本试验通过对比健康与腹泻食蟹猴粪便菌群的差异，初步探讨腹泻对食蟹猴粪便菌群的影响。采集成年腹泻与健康食蟹猴粪样各6份，用细菌16Sr DNA通用引物扩增V3—V4 区，采用Illumina MiSeq测序平台对食蟹猴粪便微生物进行研究。结果表明，Alpha多样性指数分析，健康组与腹泻组的微生物多样性指数（Shannon、Simpson）差异不显著，群落丰富度指数（Chao、Ace）差异显著。PCA主成分分析，健康组与腹泻组粪便菌群具有明显的差异。通过对健康组与腹泻组物种菌群组成分析 ...
张飞燕 1 金洁 1 刘超 1 胡正飞 1 张玉林 1 谢丽分 1 邬继文 1 吕龙宝 1
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Exploring the role of methylation-driven gene IFFO1 in pancreatic adenocarcinoma diagnosis, prognosis and cellular functions [PDF]
Background and purpose: Abnormal DNA methylation is closely associated with the onset and progression of tumors. This study aimed to investigate the expression of intermediate filament family orphan 1 (IFFO1), a methylation-driven gene (MDG) in ...
XU Ziqi, HU Ruizhi, LI Junjian, WANG Hongxia, SANG Youzhou
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谷胱甘肽还原酶影响结肠癌代谢及预后：一项基于蛋白组学与微阵列芯片分析的研究
Zhongguo shiyan zhenduanxue目的 探讨谷胱甘肽还原酶(Glutathione reductase, GSR)对结肠恶性肿瘤代谢的影响及其对结肠癌患者的预后价值。方法 通过蛋白组学差异分析获得结肠癌组织和正常结肠上皮组织的差异蛋白，并通过富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)分析鉴定代谢通路中的关键蛋白，进行生存分析和临床信息相关性分析。收集120例结肠癌患者手术病理标本制作组织微阵列芯片，进行免疫组织化学染色。结果 蛋白组学差异分析共鉴定出1 209个差异表达蛋白。KEGG富集分析显示，差异蛋白显著富集于代谢通路 ...
吴惧 +4 more
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野生动物学报为了解万山汞矿区弹琴蛙（Nidirana adenopleura）组织重金属富集特征及其关联，对万山汞矿区典型农田生境内弹琴蛙组织（肝脏、皮肤、股骨、肌肉和趾骨）中铬（Cr）、锰（Mn）、镍（Ni）、铜（Cu）、锌（Zn）、镉（Cd）、铅（Pb）、砷（As）、硒（Se）和汞（Hg）这10种重金属元素的生物富集特征差异进行分析，结合非负矩阵分解分析法识别重金属元素的来源及贡献，并通过灰色关联度分析法分析弹琴蛙组织重金属元素间的关联性。结果表明：重金属元素在万山汞矿区弹琴蛙体内富集程度不同 ...
张晓东 +4 more
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, 2019 【目的】利用生物信息学的方法，对GEO和TCGA两个基因组学数据库进行分析，探究与前列腺癌相关的差异基因及相关的调控网络。【方法】综合GEO数据库的前列腺癌基因表达芯片数据（GSE46602、GSE55945）和TCGA数据库的RNA-seq数据，利用GEO2R及R语言的edgeR包进行基因差异分析，获得共同的显著差异基因，结合R语言的clusterProfiler包进行GO功能分析及KEGG通路分析，同时利用string网站进行蛋白互作网络分析，筛选出前列腺癌中调节蛋白表达量的关键基因 ...
李志标
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Effect of ghrelin gene knockout on the postsynaptic potential of dopaminergic neurons in the substantia nigra of mice [PDF]
Objective To study the effect of ghrelin gene knockout on the postsynaptic potential of dopaminergic neurons in the substantia nigra of mice. Methods Substantia nigra tissue was taken from 10-week-old ghrelin-/- male mice (ghrelin-/- group) and their ...
LIU Jing, LI Huanhuan, JIAO Qian, CHEN Xi, JIANG Hong, DU Xixun
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